Также ФГОСы бакалавров утверждают, что учебный план программы должен состоять из трех циклов: гуманитарного (социального и экономического), математического (здесь же естественнонаучный) и профессионального. Отдельно вынесены физкультура и практики. Так что, хотите не хотите, а все это у вас будет.
А вот, например, стандарт для направления
010100 Математика. В нем уже прописано, сколько у вас должно быть часов иностранного языка, что вы будете уметь после физкультуры и зачем программистам гуманитарный цикл. Отсюда и взялись ненавистная филологам математика и наоборот.
Получается, у составителей программ в университетах связаны руки. Они обязаны заполнить учебный план базовыми дисциплинами (которые берут из стандартов) и вариативными (которые вправе поставить сами).